CASABee: el primer software de análisis espermático para insectos

Ponente: Ana Romero Ibáñez (Grupo PSYCOTRIP, Universidad de La Rioja).

Lugar: Seminario Mirian Andrés (Edificio CCT).

Hora: martes 30 de mayo de 2023, 12:00.

Resumen: La calidad del semen producido por los zánganos determina el éxito reproductivo de las abejas y su supervivencia, por lo que el estudio de su calidad espermática es de gran interés tanto para estudios básicos como aplicados. En este campo, existe la necesidad de desarrollar métodos informáticos para el análisis automático de la calidad del semen específicamente adaptados a las abejas melíferas, ya que los programas existentes hasta ahora (desarrollados para mamíferos) no son de utilidad. En este trabajo presentamos el sistema CASABee, un software de código abierto diseñado específicamente para el análisis automático de la motilidad y concentración espermática en zánganos de abejas melíferas. Trabajo conjunto con Jose Divasón, Pilar Santolaria y Jesús Yániz.

IA en la detección de enfermedades de la retina, del laboratorio a la práctica

Ponente: Dídac Royo Fibla (CEO, UPRetina), Miguel Ángel Zapata Victori (Director médico, Hospital Vall D’Hebron/UPRetina).

Lugar: Seminario Mirian Andrés (Edificio CCT).

Hora: viernes 24 de marzo de 2023, 10:00.

Resumen: UPRetina (https://www.upretina.com/en/) es una empresa que se dedica principalmente a la telemedicina en el campo de las enfermedades de la retina. Durante la charla comentaremos las principales líneas de trabajo, los primeros estudios y aplicaciones de la inteligencia artificial, así como las aplicaciones prácticas de redes neuronales que actualmente está utilizando UPRetina. Durante el encuentro se comentarán también las futuras líneas de investigación en inteligencia artificial previstas y otras líneas de trabajo que se están desarrollando en el mundo de la retina con el uso de la inteligencia artificial.

Procesamiento de imágenes y algoritmos genéticos para la detección de estructuras en embriones

Ponente: María Villota Miranda (Instituto de Investigación Sanitaria de Aragón).

Lugar: Seminario Mirian Andrés (Edificio CCT).

Hora: martes 28 de febrero de 2023, 12:00.

Resumen: La evolución creciente de la esterilidad en los países de occidente hace que una de cada seis parejas tenga la necesidad de recurrir a tecnologías de reproducción asistidas como la Fecundación In Vitro (FIV). Desde el primer bebé FIV, hace ya 40 años, son más de 8 millones los que han nacido gracias a esta técnica. En estos 40 años los procedimientos han evolucionado mucho, traduciéndose así en grandes avances. Sin embargo, sigue habiendo decisiones que se toman de manera subjetiva. Una de ellas, la selección de embriones que se implantan en el útero de la madre. Una detección automática de las distintas estructuras del embrión permitiría obtener más información sobre los embriones y, así, conseguir una evaluación más objetiva. Para abordar este problema veremos una primera aproximación basada en el uso de técnicas de procesamiento de imágenes y algoritmos genéticos.

Redefining Computational Biology by means of AI

Ponente: Ihor Smal (Erasmus University Medical Center, Rotterdam).

Lugar: Seminario Mirian Andrés (Edificio CCT) y a través de Blackboard (https://bit.ly/salaDMC).

Hora: miércoles 14 de diciembre de 2022, 11:30.

Nota: la charla forma parte de la UR Image Processing Week organizada por el Grupo de Informática de la Universidad de La Rioja. Puedes encontrar el programa de la conferencia a través del siguiente enlace.

¿Puede el aprendizaje no supervisado ayudarnos a identificar compuestos?

Ponente: Gadea Mata Martínez (Grupo PSYCOTRIP, Universidad de La Rioja)

Lugar: Seminario Mirian Andrés (Edificio CCT).

Hora: martes 22 de noviembre de 2022, 11:00.

Resumen: En la investigación biomédica se llevan a cabo estudios de librerías grandes de compuestos con el fin de averiguar si no es sólo uno el que provoca un efecto. Esta labor de identificación suele ser ardua. En este seminario se va a contar un caso de uso desarrollado en el CNIO sobre cómo el aprendizaje no supervisado puede ayudar en la labor de dicha identificación y cómo se pueden interpretar los resultados.

Computer vision and Deep Learning for plant phisiology

Ponente: Ángela Casado García (Universidad de La Rioja).

Lugar: Salón de Actos (Edificio CCT), o a través de Blackboard (https://bit.ly/salaDMC)

Hora: martes 29 de marzo de 2022, 12:00.

Resumen: La detección y la segmentación de objetos son unas de las áreas de la visión por computador que más aplicaciones tiene en diversos ámbitos como son la seguridad, la biología o la medicina. En la actualidad las técnicas más exitosas están basadas en métodos de aprendizaje profundo. Aunque estos métodos han logrado grandes resultados, tienen una serie de limitaciones. En esta presentación introduciremos las distintas aproximaciones que hemos desarrollado para abordar dichas limitaciones, y evaluar las soluciones propuestas en distintos contextos de la fisiología vegetal como son la medición de la densidad estomatal y de glándulas salinas, o la agricultura de precisión.

Aprendizaje profundo para el diagnóstico de enfermedades oculares

Ponente: Jónathan Heras Vicente (Universidad de La Rioja).

Lugar: Salón de Actos (Edificio CCT), o a través de Blackboard (https://bit.ly/salaDMC)

Hora: martes 1 de marzo de 2022, 12:00

Resumen: En esta charla presentaremos el trabajo que desde el grupo estamos realizando para el diagnóstico de enfermedades oculares a partir de imágenes de fondo de ojo. En concreto nos centraremos en cuatro enfermedades (retinopatía diabética, degeneración macular, membrana epirretiniana y glaucoma), y las distintas aproximaciones que hemos llevado a cabo para definir modelos de aprendizaje profundo capaces de diagnosticar dichas enfermedades. Este trabajo se está realizando en colaboración con la empresa UPRetina y el Hospital Vall D’Hebron.

Nota: Parte del trabajo que se presentará en esta charla fue premiado en el Congreso de la Asociación Española para la Inteligencia Artificial (CAEPIA 20/21) celebrado en septiembre de 2021.

Inteligencia artificial en retina

Ponentes: Dídac Royo (Director técnico y fundador de Optretina) y Miguel Ángel Zapata (Adjunto servicio oftalmología Hospital Vall d’Hebron. Barcelona, Director médico y fundador de Optretina).

Lugar: online (https://bit.ly/salaDMC).

Hora: jueves 29 de abril, 13:00.

Resumen: Optretina es una empresa fundada hace 8 años que se dedica principalmente a la telemedicina en el campo de las enfermedades de la retina. Durante la charla comentaremos las principales líneas de trabajo, los primeros estudios y aplicaciones de la inteligencia artificial, así como las aplicaciones prácticas de redes neuronales que actualmente está utilizando Optretina. Durante el encuentro se comentarán también las futuras líneas de investigación en inteligencia artificial previstas y otras líneas de trabajo que se están desarrollando en el mundo de la retina con el uso de la inteligencia artificial.

Biografía:

Dídac Royo. Ingeniero Industrial en la rama de informática por la Universitat Politècnica de Catalunya. CTO y fundador de Optretina. CEO y fundador de S4Research.

Miguel A. Zapata. Médico por la Universitat Autònoma de Barcelona, especialista en Oftalmología, Doctor en Medicina y Cirugía con mención honorífica. Especialista en retina. Su actividad asistencial se desarrolla en el campo de la retina médica y quirúrgica, con especial énfasis en la degeneración macular y la retinopatía diabética. Sus principales intereses de investigación, tanto básica como clínica, son la degeneración macular, la retinopatía diabética, el desarrollo de nuevos fármacos para el tratamiento de la retina y la inteligencia artificial. En el campo de la investigación clínica, el Dr. Zapata ha sido investigador principal en 9 proyectos en los últimos 4 años y colaborador en más de 25 ensayos clínicos e investigación traslacional. En investigación básica, como principal en 3 proyectos y colaborador en 7 más. Ha presentado ponencias en numerosos congresos nacionales e internacionales y actualmente cuenta con 33 publicaciones indexadas.

Nuevas estrategias de optimización y métodos computacionales para el modelado y predicción estructural de las proteínas y sus interacciones

Ponente: Juan Fernández Recio (Científico Titular, Instituto de las Ciencias de la Vid y del Vino – ICVV)

Lugar: Seminario Mirian Andrés (Edificio CCT)

Hora: lunes 6 de mayo, 10:00

Resumen: El entendimiento de procesos biológicos esenciales, como la asociación entre proteínas, requiere cada vez más de modelos computacionales que ayuden a interpretar y predecir su mecanismo y función a nivel molecular. En esta charla presentaremos de forma global las herramientas bioinformáticas que hemos desarrollado en nuestro grupo para estudiar interacciones entre proteínas y su aplicación a diferentes sistemas de interés biomédico y biotecnológico. También analizaremos cuáles son los retos que todavía quedan por resolver, y se discutirá sobre las nuevas estrategias que queremos implementar y la posibilidad de incorporar, mediante colaboración, métodos de optimización que han sido ya aplicados con éxito a problemas de complejidad similar en otros ámbitos científicos.

Procesamiento y análisis de imágenes: el presente de la investigación biológica

Ponente: Gadea Mata

Lugar: Seminario Mirian Andrés (Edificio CCT)

Hora: martes 25 de abril, 12:00

Resumen: Durante mi estancia en la Unidad de Microscopía Óptica Avanzada de la Universidad de Barcelona, he visto diferentes preguntas biológicas que necesitaban del análisis de imagen para ser resueltas de una manera rápida y objetiva. En esta charla voy a contaros y enseñaros los distintos casos que he visto, desde imágenes de mitocondrias hasta estructuras de tejido como por ejemplo de pulmón o de cerebro.