Rompiendo la barrera del tiempo en microscopía

PonentesDiego Megías Vázquez (jefe de la Unidad de Microscopía Confocal del Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas – CNIO), Gadea Mata Martínez (Universidad de La Rioja).

Lugar: online (https://bit.ly/salaDMC).

Hora: miércoles 31 de marzo, 10:00

Resumen: La adquisición de imagen en microscopía óptica de fluorescencia requiere la exposición de la muestra a potentes fuentes de luz y a la recogida de su emisión. A mayor tiempo de exposición mayor relación señal / ruido. Dicho aumento en el tiempo de exposición genera toxicidad y muchas veces impide poder seguir con claridad eventos celulares rápidos. Las muestras biológicas que se ensayan diariamente en microscopía han de ser capturadas intentando que las imágenes sean lo más rápidas y fieles a la realidad posible pero sin dañarlas. En este seminario os contaremos como el Machine Learning nos puede ayudar a conseguir estos objetivos.

Processing Biomedical Images for the Study of Treatments Related to Neurodegenerative Diseases

 

Ponente: Gadea Mata Martínez (Universidad de La Rioja)

Lugar: Salón de Actos (Edificio CCT)

Hora: martes 5 de septiembre, 12:00

Resumen: The study of neuronal cell morphology and function in neurodegenerative disease processes is essential in order to develop suitable treatments. In fact, studies such as the quantification of either synapses or the neuronal density are instrumental in measuring the evolution and the behaviour of neurons under the effects of certain physiological conditions.

In order to analyse this data, fully automatic methods are required. To this end, we have studied and developed methods inspired by Computational Algebraic Topology and Machine Learning techniques. Notions such as the definition of connected components, or others related to the persistent homology and zigzag persistence theory have been used to compute the synaptic density or to recognise the neuronal structure. In addition, machine learning methods have been used to determine where neurons are located in large images and to ascertain which are the best features to describe this kind of cells.

Nota: la charla se trata de una prueba de tiempo para la presentación de la Tesis, que tendrá lugar el viernes 15 de septiembre a las 12:00 en el mismo Salón de Actos del CCT.

Procesamiento y análisis de imágenes: el presente de la investigación biológica

 

Ponente: Gadea Mata

Lugar: Seminario Mirian Andrés (Edificio CCT)

Hora: martes 25 de abril, 12:00

Resumen: Durante mi estancia en la Unidad de Microscopía Óptica Avanzada de la Universidad de Barcelona, he visto diferentes preguntas biológicas que necesitaban del análisis de imagen para ser resueltas de una manera rápida y objetiva. En esta charla voy a contaros y enseñaros los distintos casos que he visto, desde imágenes de mitocondrias hasta estructuras de tejido como por ejemplo de pulmón o de cerebro.

Processing neuronal images

 

Ponente: Gadea Mata (Universidad de La Rioja)

Lugar: Seminario Chicho (Aula 314, Edificio Vives)

Hora: martes 27 de enero, 12:00

Se trata de una prueba de tiempo de la conferencia que impartirá en el laboratorio Biomedical Imaging de Erasmus University Medical Center en Rotterdam, en el que va a realizar una estancia de investigación de tres meses