Processing Biomedical Images for the Study of Treatments Related to Neurodegenerative Diseases

 

Ponente: Gadea Mata Martínez (Universidad de La Rioja)

Lugar: Salón de Actos (Edificio CCT)

Hora: martes 5 de septiembre, 12:00

Resumen: The study of neuronal cell morphology and function in neurodegenerative disease processes is essential in order to develop suitable treatments. In fact, studies such as the quantification of either synapses or the neuronal density are instrumental in measuring the evolution and the behaviour of neurons under the effects of certain physiological conditions.

In order to analyse this data, fully automatic methods are required. To this end, we have studied and developed methods inspired by Computational Algebraic Topology and Machine Learning techniques. Notions such as the definition of connected components, or others related to the persistent homology and zigzag persistence theory have been used to compute the synaptic density or to recognise the neuronal structure. In addition, machine learning methods have been used to determine where neurons are located in large images and to ascertain which are the best features to describe this kind of cells.

Nota: la charla se trata de una prueba de tiempo para la presentación de la Tesis, que tendrá lugar el viernes 15 de septiembre a las 12:00 en el mismo Salón de Actos del CCT.

Análisis de imagen biomédica en el grupo de informática de la UR

 

Ponente: Jónathan Heras

Lugar: Seminario Mirian Andrés (Edificio CCT)

Hora: martes 16 de mayo, 12:00

Resumen:  En esta charla se comentarán las técnicas de visión por computador y aprendizaje automático aplicadas por el grupo de informática de la Universidad de La Rioja a distintos problemas de análisis de imagen biomédica. Entre dichos problemas se incluyen la localización y el conteo de sinapsis, el estudio de antibiogramas, o el uso de hongos para decolorar tintes.

Nota: la charla se trata de una prueba de tiempo de la conferencia del mismo título que el ponente impartirá en la jornada “Unbox Machine Learning para desarrolladores” que tendrá lugar en el Centro Nacional en Formación de Nuevas Tecnologías (Think-TIC) de Logroño el 19 de mayo (puedes encontrar más detalles sobre la jornada en el siguiente enlace).

Procesamiento y análisis de imágenes: el presente de la investigación biológica

 

Ponente: Gadea Mata

Lugar: Seminario Mirian Andrés (Edificio CCT)

Hora: martes 25 de abril, 12:00

Resumen: Durante mi estancia en la Unidad de Microscopía Óptica Avanzada de la Universidad de Barcelona, he visto diferentes preguntas biológicas que necesitaban del análisis de imagen para ser resueltas de una manera rápida y objetiva. En esta charla voy a contaros y enseñaros los distintos casos que he visto, desde imágenes de mitocondrias hasta estructuras de tejido como por ejemplo de pulmón o de cerebro.

DetectionEvaluationJ: A tool for measuring the goodness of object detection algorithms

 

Ponentes: Manuel García, Adrián Inés

Lugar: Seminario Mirian Andrés (Edificio CCT)

Hora: martes 14 de febrero, 13:00

Abstract: Object detection algorithms are applied in diverse computer vision applications. Hence, it is important to know how good are the regions detected by an algorithm in order to compare it with other algorithms. To solve this, we have developed DetectionEvaluationJ, an ImageJ plugin able to compare a gold standard with the regions obtained by an object-detection algorithm. The result produced by DetectionEvaluationJ is a set of measures that allows us to know the quality of the object-detection algorithms.

Nota: la charla se trata de una prueba de tiempo de la conferencia del mismo título que los ponentes impartirán en el workshop “Computer Vision, Deep Learning and Applications” del congreso “Eurocast 2017” que tendrá lugar en las Palmas de Gran Canaria del 19 al 24 de febrero.

Puedes encontrar las transparencias de la charla en el siguiente enlace.

Advances and Challenges in Biological Image Analysis

 

Ponente: Erik Meijering (Rotterdam University)

Lugar: Aula 305, Edificio Vives

Hora: jueves 10 de diciembre, 19:00

Actividad conjunta con el “Máster en Tecnologías Informáticas” y el “Programa de Doctorado en Matemáticas y Computación”

La charla forma parte de la “Bioimaging week” dedicada a distintos aspectos de la investigación en el procesamiento de imágenes biomédicas